Flora normal pada tubuh manusia

Refarat Divisi

Infeksi dan Penyakit Tropis                                                   Kepada yth:

 

          Flora normal pada tubuh manusia

            Penyaji            : dr. Abdullah Shiddiq Adam

            Hari / Tanggal :   Jumat   /  20 Nov 2015

                                    Pembimbing  : Prof. dr. Chairuddin P Lubis, DTM&H, SpA(K)

                                    Prof.DR.dr.  Syahril Pasaribu, DTM&H, MSc(CTM), SpA(K) 

                                    dr. Ayodhia Pitaloka,M.ked(Ped), SpA, PhD(Clin.Trop.Med)

                                    dr. Inke Nadia Lubis, M.ked(Ped), DTM&H,  SpA

                                    dr. Hendri Wijaya,M.Ked(Ped), SpA            

                                   

Pendahuluan

Manusia secara konstan berhubungan dengan beribu-ribu mikroorganisme. Mikroba tidak hanya terdapat di lingkungan, tetapi juga menghuni tubuh manusia. Pada tubuh manusia ditemukan sekitar 10¹⁴ bakteri. Flora normal merupakan populasi dari bakteri.  Flora normal adalah relatif stabil dan hidup di berbagai lokasi tubuh manusia selama periode tertentu. Flora normal dapat ditemukan di tubuh manusia seperti kulit (terutama daerah lembab, seperti pangkal paha dan di antara jari kaki), saluran pernafasan (terutama hidung), saluran kemih, dan saluran pencernaan (terutama mulut dan usus besar). Di sisi lain, area tubuh seperti otak, sistem peredaran darah dan paru-paru tetap steril (bebas mikroba).^1,2

Mikroorganisme secara tetap terdapat pada permukaan tubuh manusia adalah komensal. Mikroorganisme dapat tumbuh subur pada daerah tertentu, tergantung pada faktor-faktor fisiologik, suhu, kelembaban dan adanya zat-zat makanan dan zat-zat penghambat tertentu. Adanya mikroorganisme ini tidak penting untuk kehidupan, sebab binatang bebas kuman dapat dipelihara tanpa adanya flora mikroba normal. Flora yang menetap pada daerah tertentu memegang peranan tertentu dalam mempertahankan kesehatan dan fungsi normal. ^1,3

Sebenarnya mikroorganisme yang terdapat pada tubuh manusia tak dapat digolongkan dengan tegas, apakah termasuk komensal atau patogen bagi manusia. Flora dalam tubuh manusia dapat menetap atau hanya bersifat transient. Mikroba normal yang menetap, tidak menyebabkan penyakit dan bahkan dapat memberikan keuntungan bila kuman tersebut berada dilokasi yang semestinya dan tanpa adanya keadaan abnormal. Namun mikroba tersebut dapat menyebabkan penyakit bila keadaan tertentu berada ditempat yang tak semestinya atau ada faktor  predisposisi.³

Tujuan dari penulisan refarat ini adalah untuk menjelaskan secara ringkas mengenai  Flora normal pada tubuh manusia

Definisi

Flora normal atau mikrobiota adalah kumpulan organisme yang ditemukan secara alamiah pada tubuh manusia dilokasi anatomi tertentu dan jumlah tertentu serta tidak menyebabkan penyakit dalam kondisi normal.³

Fungsi flora normal

Flora normal sangat penting bagi kehidupan manusia karena dapat berperan membantu melindungi tubuh dari infeksi bakteri pathogen, beberapa mikroba bertanggung jawab untuk menstimulasi sistem kekebalan tubuh terutama pada bayi, untuk metabolisme asam lemak di kulit, untuk pencernaan makanan di saluran pencernaan, memproduksi vitamin penting seperti vitamin K dan mungkin untuk  ketahanan terhadap keparahan kanker.^4,5

Penelitian pada hewan yang sejak lahir disterilkan dari bakteri apapun (germ-free animal) ternyata lapisan mukosa usus halusnya tidak berkembang dan hewan ini mati karena atoni usus, sementara hewan kontrol berkembang (dihuni flora normal) , memiliki anatomi usus yang normal. Selain menguntungkan, flora normal dapat juga membahayakan karena dapat menimbulkan infeksi misalnya pada keadaan imunitas yang menurun. Faktor-faktor yang mempengaruhi densitas dan penyebaran flora normal adalah kondisi lokal seperti pH, temperatur, oksigen, air, nutrisi serta faktor lainnya seperti peristaltik usus, saliva, sekresi lisozim dan imunoglobulin.²

Penekanan flora normal menyebabkan dilokasi tersebut cenderung akan diisi oleh mikroorgansime lainnya dari lokasi tubuh yang lain dan mikroorganisme tersebut dapat bersifat patogen opportunitis dan dapat menjadi patogen.¹ Sebaliknya flora normal dalam keadaan tertentu dapat menyebabkan infeksi pada suatu penyakit. Mikroorganisme menyesuaikan diri terhadap cara kehidupan tidak invasif yang ditetapkan oleh pembatasan lingkungan. Bila dengan paksa disingkirkan dari lingkungannya yang terbatas ini dapat masuk ke dalam aliran darah atau jaringan, maka organisme tersebut akan menjadi patogen. Sebagai contoh bakteri Streptococcus golongan viridans merupakan organisme yang menetap, paling sering ditemukan pada saluran pernapasan bagian atas. Bila sejumlah besar kuman dimasukkan ke dalam aliran darah (misalnya setelah ekstraksi gigi atau tonsilektomi), kuman dapat tinggal pada katup jantung yang abnormal dan menyebabkan endokarditis infektif sub akut. Demikian juga kuman Bacteroides yang merupakan kuman menetap di usus besar dan paling sering ditemukan tetapi tidak berbahaya pada lokasi tersebut dan bila masuk ke dalam rongga peritonium atau ke dalam jaringan pelvis menyebabkan supurasi dan bakteriemia. anggota flora normal menetap yang dapat menyebabkan penyakit disebut kuman patogen opportunistik.^1,3

Flora normal dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok

a. Resident flora / Mikroorganisme yang menetap terdiri mikroorganisme yang relatif tetap dan biasa ditemukan di daerah-daerah dan pada umur tertentu.  Bila terganggu mikroorganisme itu akan  tumbuh kembali dengan segera.⁶

b. Transiet flora / Mikroorganisme yang menetap sementara yang terdiri dari mikroorganisme yang tidak patogen atau potensial patogen yang mendiami kulit atau selaput lendir selama beberapa jam, hari atau minggu. Mikroorganisme yang bersifat sementara pada tubuh manusia umumnya sedikit berpengaruh selama mikroorganisme penghuni normal tetap utuh, namun  bila flora penghuni terganggu, mikroorganisme yang bersifat sementara dapat berkolonisasi, berfloriferasi dan menimbulkan penyakit.^1,3

Pembentukan flora normal

a. Saat proses kelahiran bayi

Mekonium bayi yang baru lahir secara mikroskopik tidak mengandung bakteri. Namun dalam waktu 24 jam pertama akan timbul bakteri Coliform, Enterococci Lactobacilli, produk pembusukan kuman Clostridium dan Staphylococcus sebagai flora normal saluran cerna. Jumlah bakteri ini kurang lebih sebanyak 10¹¹ per gram feses. Hari ke 3-4 setelah lahir, Bifidobacteria mulai berkembang biak mengikuti kuman flora normal sebelumnya seperti bakteri Coliform, Enterococci dan hasil pembusukan bakteri. Selanjutnya Bifidobakteria akan tumbuh lebih pesat sedangkan bakteri lainnya akan berkurang hingga sampai seper seratusnya. Selanjutnya, Bifidobakteria akan menjadi flora normal atau mikrobiota yang utama di dalam saluran cerna bayi baru lahir.⁴

b. Pemberian asi dan susu formula

Flora normal usus pada bayi yang mendapatkan ASI dan susu botol berbeda. Walaupun sebagian besar bayi dengan ASI mengandung Bifidobacteria, namun sebagian kecil dari kelompok ini tidak dijumpai Bidobacteria. Sedangkan kuman aerob seperti bakteri Coli dan Enterococci sebanyak 10 kali lebih besar dibandingkan yang mendapatkan ASI. Jumlah kuman anaerob dan Bacteroides sama.³

Bila feses bayi yang mendapatkan ASI diperiksa dibawah mikroskop, maka tampak adanya kuman gram positif lebih dominan dibandingkan kuman gram negatif. Sedangkan yang mendapatkan susu botol, didapatkan kuman gram negatif lebih dominan dibandingkan dengan gram positif. Pada tinja bayi yang mendapatkan ASI, per gram fesesnya dijumpai Bifidobacteria sebanyak 10¹⁰ hingga 10¹¹. Sedangkan kuman Coliform dan Enterococci sebanyak 10⁸ per gram feses, termasuk kuman anaerobik lainnya dan Bacteroides yang berfungsi sebagai kuman pembusuk.^3,4

Penyebaran flora norma pada manusia

A.  Kulit

Kulit merupakan bagian tubuh yang secara langsung berhubungan dengan udara luar sehingga kulit cenderung mengandung mikroorganisme sementara. Walaupun demikian, pada kulit terdapat mikroorganisme yang merupakan flora normal yang menetap dikulit. Adapun flora normal yang terdapat pada kulit berbeda-beda menurut daerah anatomik yang dibatasi oleh sekresi mukosa, kebiasaan memakai pakaian atau yang dekat dengan selaput lendir (mulut, hidung dan daerah perineum).³

 Perbedaan flora bakteri berbeda sesuai lokasi di kulit: 1) ketiak, perineum, dan jari kaki, 2) tangan, wajah dan punggung, 3) lengan atas dan kaki. Lokasi kulit didaerah ketiak, perineum dan jari kaki mengandung lebih banyak mikroorganisme daripada daerah kaki, lengan dan punggung. Perbedaan jumlah mungkin berhubungan dengan peningkatan kelembaban, suhu tubuh yang tinggi, dan tingginya konsentrasi lemak di permukaan kulit. Ketiak, perineum dan jari kaki lebih sering terjadi kolonisasi kuman Gram-negatif dari pada lokasi yang kering di kulit.²

Mikroorganisme yang menetap pada kulit sebagian besar adalah kuman Dipteroid aerob dan anaerob ( misalnya Corynebacterium dan Propionibacterium), Staphylococcus aerob non hemolitic dan anaerob ( Staphylococcus epidermidis, kadang-kadang Staphylococcus aureus, Peptococcus). Kuman-kuman gram positif, aerob, kuman membentuk spora yang banyak terdapat di udara, air dan tanah, Streptococcus alpha hemolitic ( S. viridians ) dan Enterococcus ( Streptococcus faecalis ) dan kuman gram negatif Coliform serta Acinetobacter. Jamur sering terdapat pada lipatan-lipatan kulit, mikrobakteria tahan asam yang tidak patogen banyak terdapat pada daerah yang banyak mengandung sekresi sebasea ( genitalia, telinga luar ).³

B. Mata

Mata sering terpapar dengan lingkungan luar dan mikroba. Flora normal konjungtiva dalam keadaan normal jarang karena dikendalikan oleh air mata yang mengandung lisozim dan menghambat pertumbuhan kuman.^2,3 Adapun jenis kuman yang merupakan flora normal pada mata adalah  Staphylococcus epidermidis, S. aureus, Haemophilus spp, Streptococcus pneumoniae, Corynebacteria, Neisseriae  dan Moraxellae. Dalam keadaan normal organisme tersebut tidak berbahaya pada mata namun pada keadaan tertentu seperti cedera pada mata, kuman mikroba tersebut dapat menyebabkan infeksi opportunitis.³

C. Telinga

Flora liang telinga luar biasanya gambaran flora kulit. Dapat di jumpai   Streptococcus pneumonia, batang gram negatif termasuk Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus  aureus dan kadang – kadang Mycobacteria saprofit. Telinga bagian dalam dan tengah biasanya steril.⁷

D.  Saluran pernafasan atas

Flora hidung terutama terdiri dari Corinebacterium, Staphylococcus ( Staphylococcus aureus, Staphycoccus epidermidis ) dan Streptococcus. Selaput lendir mulut dan farings sering kali steril waktu lahir, tetapi mungkin terjadi kontaminasi pada saat janin melewati jalan lahir. Dalam waktu 4 sampai 12 jam setelah lahir, Streptococcus viridians sebagai flora utama yang menetap dan kemungkin berasal dari saluran napas ibu atau pengasuh. Pada permulaan kehidupan, di ikuti bertambahnya kuman Staphylococcus aerob dan anaerob, Diplococcus gram negatif ( Neisseria, Branhamella ), Dipteroid, dan kadang-kadang Laktobasilus.³ kuman yang mempunyai potensi patogen juga ditemukan di faring seperti Haemophilus, Mycoplasma dan Pneumococcus.²

Saat gigi mulai tumbuh, beberapa flora normal akan menetap seperti spirocheta anaerobik, Protovella (khususnya P. melaninogenicus), Spesies Fusobacterium, Rhotia spesies, Capnoctophaga spesies dan beberapa Vibrio aerob serta laktobasilus. Sedangkan jenis Actinomyces dalam keadaan normal terdapat dalam jaringan tonsil dan gingiva orang dewasa dan ditemukan juga beberapa protozoa. Jamur (spesies Candida) terdapat dalam mulut.³

Saluran pernafasan atas merupakan lokasi kuman mengalami kolonisasi menjadi kuman patogen seperti Neisseria meningitides, C diptheriae, Bordetella pertussis.  Sedangkan saluran pernafasan bagian bawah ( bronkus kecil dan alveoli )  dalam keadaan normal bersifat steril.^1,7

E. Saluran pencernaan

Saluran pencernaan merupakan lokasi yang paling banyak mengandung mikroorganisme, terutamanya usus besar yang sangat kaya akan bahan nutrisi. Lebih dari 500 jenis flora normal di usus umumnya menguntungkan.⁷

            Flora normal pada mulut tidak mudah dihilangkan dengan membersihkan  gigi dan gusi dalam rongga mulut. Saat gigi tumbuh pertama sekali pada bayi merupakan awal kolonisasi kuman. Bakteri tersebut akan mencapai lambung dan dimusnahkan melalui asam klorida. Beberapa mikro organsisme akan berkolonisasi dalam rongga mulut dalam berberapa jam setelah lahir seperti Streptococcus, Neisseria, Veillonella, Actinomyces dan Lactobacillus.^6,7

            Bakteri yang berkoloni di rongga mulut dalam tahun pertama kehidupan adalah mikroba aerob dan obligat aerob.  Selanjutnya saat tumbuh gigi, mikroba aerob seperti Porphyromonas spp, Prevotella sp dan bakteri koloni lainnya menyebabkan lingkungan anaerob diantara celah gigi dan gusi. Saat gigi tumbuh maka rongga tersebut akan dihuni oleh Streptococcus sanguis dan Streptococcus mutans yang akan merusak email gigi. Bakteri didalam cairan saliva  S. Salivarius. Bakteri normal dijumpai pada rongga mulut dapat menyebabkan pembentukan plak gigi, infeksi rongga mulut dan infeksi gusi. Mikro lain yang ditemukan dirongga mulut adalah diphtheroid, Eikenella corrodense, S. aureus, streptococcus beta haemolitikus, Haemophilus spp, Candida spp dan Streptococcus viridians.⁷

Di lambung, flora normal bersifat transient dengan konsentrasi sangat rendah (10³-10⁶/ g ).²  Helicobacter pylori merupakan kuman yang dominan di lambung dan menentukan flora mikroba lain di lambung. Saat Helicobacter pylori menghuni lambung sebagai komensal maka dijumpai berbagai mikroba lain seperti Streptoccocus, Prevotella, Veillonella dan Rhotia. Bila jumlah mikroba tersebut menyusut maka H. Pylori bersifat patogen yang mengakibatkan pembentukan ulkus dan gastritis.^2,8

Mikroba di usus di dominasi oleh 4 filum utama : Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, dan Actinobacteria. Usus besar dominan dihuni oleh Firmicutes dan Bacteroidetes. Usus manusia merupakan lokasi utama kuman patogen seperti  Campylobacter jejuni, Salmonella enterica, Vibrio kolera dan Escherichia coli ( E. Coli ), dan Bacteroides fragilis tetapi jumlah yang rendah ( 0,1% atau kurang dari Seluruh mikroba usus ). Mikroba pada usus yang sehat menunjukkan jumlah filum Proteobacteria rendah sedangkan lebih banyak ditemukan mikroba seperti  Bacteroides, Prevotella dan Ruminococcus. Selain itu, adanya perbedaan mikroba antara lumen dan permukaan mukosa usus. Bacteroides, Bifidobacterium, Streptococcus, Enterobacteriacae,  Enterococcus, Clostridium, Lactobacillus dan Ruminococcus merupakan mikroba yang dominan pada lumen usus (dapat di identifikasi dalam tinja), hanya Clostridium, Lactobacillus, Enterococcus dan Akkermansia yang dominan ditemukan pada mukosa dan mukos ( mendeteksi lapisan mukosa dan epitel usus halus ).⁸

Pada keadaan normal di duodenum sedikit flora normal ( 0-10³ / g ). Ileum mengandung flora yang beragam dengan jumlah sedikit lebih banyak ( 10⁶-10⁸ / g ). Flora di usus besar lebih banyak yang berfungsi sebagai pertahanan tubuh (10⁹-10¹¹ / g) dan sebagian besar mengandung kuman anaerob.²

Flora normal saluran pencernaan berperan dalam mensintesis vitamin K, konversi pigmen empedu dan asam empedu, absorpsi zat makanan dan pertahanan terhadap mikroba patogen. Obat-obatan anti mikroba yang diberikan secara oral, pada manusia dapat menekan untuk sementara unsur-unsur flora tinja yang peka obat. Mikroorganisme yang peka terhadap obat-obatan, diganti dengan mikroorganisme yang resisten obat khususnya Staphylococcus, Enterobacter, Enterococcus, Proteus, Pseudomonas, Clostridium difficile dan jamur. Bila memakan Lactobacillus acidofilus dalam jumlah yang besar maka akan menyebabkan mikroorganisme akan  menekan sebagian mikro flora usus lainnya.³

F. Saluran kemih

Berbagai mikroba yang biasanya ditemukan dalam sistem urogenital seperti Coagulase negative Staphylococci, Mycobacterium spp, Bacteroides spp, Fusobacterium species, Peptostreptococcus spp, Diphtheroids, Streptococcus (various species), Lactobacillus spp, Peptostreptococcus spp, Candida spp, Clostridium spp, Gardenerella vaginalis.⁷  Uretra anterior manusia mengandung mikroba yang sama dengan yang ditemukan di kulit dan perineum dalam jumlah yang sedikit. Interpretasi kultur urin harus dilakukan dengan hati-hati karena flora dijumpai di uretra anterior dan sampel urin mengandung mikroorganisme 10 ⁴ /ml bila urin pancaran tengah tidak diperoleh.^3,7

G. Vagina

Segera setelah lahir, laktobasil aerob  terdapat dalam vagina dan menetap selama pH tetap asam (beberapa minggu). Bila pH menjadi netral ( tetap demikian sampai mencapai pubertas) terdapat campuran kokus dan basil. Pada waktu pubertas, Laktobasil ditemukan kembali dalam jumlah yang besar dan menambah mempertahankan pH asam melalui pembentukan asam dari karbohidrat, khususnya glikogen. Adapun tujuan keasaman tersebut merupakan mekanisme penting untuk mencegah menetapnya mikroorganisme lainnya, mungkin mikroorganisme yang merugikan dalam vagina. Bila Laktobasil ditekan oleh pemberian obat-obat antibiotika mikroba, jamur atau berbagai kuman akan bertambah jumlahnya dan menyebabkan iritasi dan peradangan. Flora normal vagina sering pula meliputi Streptococcus anaerobic (Peptostreptococcus), spesies Bacteroides, Clostridia, Gardnella (Haemophilus) vaginalis, Ureaplasma urealyticum, dan kadang-kadang Listeria. Lendir serviks mempunyai aktivitas anti kuman dan mengandung lisozim.³

Kesimpulan

sFlora normal dapat ditemukan di tubuh manusia. Flora dalam tubuh manusia dapat menetap atau hanya bersifat transient. Mikroba normal yang menetap, tidak menyebabkan penyakit dan bahkan dapat memberikan keuntungan bila kuman tersebut berada dilokasi yang semestinya dan tanpa adanya keadaan abnormal. Namun mikroba tersebut dapat menyebabkan penyakit bila keadaan tertentu berada ditempat yang tak semestinya atau ada faktor  predisposisi

DAFTAR PUSTAKA

1.      Normal flora of human. National Institute of  Open Schooling. Diakses  [ 10 November 2015 ]  Tersedia di www.nios.ac.in/media/document/dmlt/microbiology.lesson 7.pdf

2.      Davis CP. Flora normal. Dalam : Baron, penyunting. Medical microbiology. Texas: Galvesto; 1996.h.1-8

3.      Brooks GF, Carroll KC,  Butel MJ, Morse SA.  Normal microbial flora of human body. Dalam : Brooks GF, Carroll KC,  Butel MJ, Morse SA, penyunting. Jawetz, Melnick, & Adelberg's Medical Microbiology. Edisi ke-24. Sanfransisco: Appleton & Lange; 2007.h.1-7 

4.      Baltimore RS, Jenson HB.  Normal microbial. Dalam : Adler SP, Aronoff SC, Ascher DP, Baker MD, Baltimore RS, Bell LM, penyunting.  Pediatric infection disease. Philadelphia: W.B. Saunders Company; 2002.

5.      Lynne, Farland. Normal flora : diversity and function. Microbial ecology in health and diseasee.  2002; 12:193-207.

6.      Normal microbial flora. 2010 [ diakses tanggal 10 november 2015 ]. Tersedia di :

www. hacettepemikrobiyoloji.com/ogrenci/MicrobialFlora.2013.pdf

7.      Prasad G, Minakshi. Normal microbial flora of human body and host parasite relationship. Immunology and medical microbiology. Hisar : Department of Animal Biotechnology  College of Veterinary Sciences – Hary. 2007.h.1-11

8.      Jandhyala SM, Talukdar R, Subramanyam C,Vuyyuru H, Sasikala M, Reddy DN Role of the normal gut microbiota. World J Gastroenterol. 2015;21: 8787-803.

9.      Normal flora of human. National Institute of  Open Schooling. Diakses  [ 10 November 2015 ]  Tersedia di www.nios.ac.in/media/document/dmlt/microbiology.lesson 7.pdf

10.  Davis CP. Flora normal. Dalam : Baron, penyunting. Medical microbiology. Texas: Galvesto; 1996.h.1-8

11.  Brooks GF, Carroll KC,  Butel MJ, Morse SA.  Normal microbial flora of human body. Dalam : Brooks GF, Carroll KC,  Butel MJ, Morse SA, penyunting. Jawetz, Melnick, & Adelberg's Medical Microbiology. Edisi ke-24. Sanfransisco: Appleton & Lange; 2007.h.1-7 

12.  Baltimore RS, Jenson HB.  Normal microbial. Dalam : Adler SP, Aronoff SC, Ascher DP, Baker MD, Baltimore RS, Bell LM, penyunting.  Pediatric infection disease. Philadelphia: W.B. Saunders Company; 2002.

13.  Lynne, Farland. Normal flora : diversity and function. Microbial ecology in health and diseasee.  2002; 12:193-207.

14.  Normal microbial flora. 2010 [ diakses tanggal 10 november 2015 ]. Tersedia di :

www. hacettepemikrobiyoloji.com/ogrenci/MicrobialFlora.2013.pdf

15.  Prasad G, Minakshi. Normal microbial flora of human body and host parasite relationship. Immunology and medical microbiology. Hisar : Department of Animal Biotechnology  College of Veterinary Sciences – Hary. 2007.h.1-11

16.  Jandhyala SM, Talukdar R, Subramanyam C,Vuyyuru H, Sasikala M, Reddy DN Role of the normal gut microbiota. World J Gastroenterol. 2015;21: 8787-803.